La chirurgie ne devrait être envisagée qu'en dernier ressort pour le traitement de la vestibulite vulvaire. La chirurgie est considérée comme inappropriée dans les cas de vulvodynie où la douleur provient de la vulve.
À titre de traitement de la vestibulite vulvaire, la chirurgie consiste en l'ablation (enlèvement) intégrale des glandes vestibulaires majeures et mineures. Dans certains cas, une greffe cutanée s'avère nécessaire pour recouvrir la région vestibulaire.
Lorsque pratiquée par une chirurgienne d'expérience, cette intervention permet à 60 à 75 pour cent des femmes de participer à des rapports sexuels sans douleur. Signalons pourtant que la convalescence est longue, soit de six à huit semaines dans la plupart des cas.
Chirurgie au laser Certains médecins ont eu recours à la chirurgie au laser comme alternative à la chirurgie conventionnelle pour le traitement des femmes atteintes de vulvodynie et de vestibulite vulvaire. Ce traitement s'est avéré plutôt inefficace, et de nombreuses femmes ont même vu leurs symptômes s'aggraver après la chirurgie. En 1997, les National Institutes of Health des États-Unis ont organisé le premier symposium à l'intention des professionnels de la santé se spécialisant dans le traitement de la vulvodynie et de la vestibulite vulvaire. Entre autres, ce groupe d'experts a recommandé que la chirurgie au laser NE soit PAS utilisée pour le traitement de la vulvodynie ou de la vestibulite vulvaire.